Mikrobiomanalyse

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Charakterisierung der mikrobiellen Diversität im Boden mittels DNA-Metabarcoding

DNA-Metabarcoding ist eine etablierte Methode zur Analyse der Zusammensetzung von Mikroorganismen (Bakterien und Pilze) im Boden, das sogenannte Bodenmikrobiom. Diese systematische Erfassung ermöglicht, die mikrobielle Artenvielfalt zu charakterisieren und Rückschlüsse auf ökologische Funktionen und Prozesse im Boden zu ziehen. Die Methode basiert auf der Sequenzierung spezifischer Markerregionen (Barcodes) im Genom der Organismen und gilt als Standardverfahren in der modernen Mikrobiomforschung. Als Ausgangsmaterial dienen Bodenproben, die je nach Fragestellung einzeln oder mit biologischen Replikaten analysiert werden.

Die Mikrobiomanalyse eignet sich unter anderem für folgende Fragestellungen:

  • Vergleiche von Standorten oder Vorher-Nachher-Analysen
  • Bewertung von Schutzgebieten und Referenzflächen; auch Abgleich mit Rote-Liste-Arten
  • Untersuchung des Einflusses von Bodenbehandlungen oder Managementänderungen
  • Vergleiche unterschiedlicher Bewirtschaftungsformen in der Landwirtschaft
  • Monitoring von Renaturierungs und Regenerationsprojekten

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Artikelnummer: MP011 Kategorie:

Beschreibung

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Was kostet eine Mikrobiomanalyse?

Die Preise richten sich nach Anzahl der Proben und dem gewünschten Analyseumfang. Gerne erstellen wir nachdem wir alle Details des Projekts kennen, ein individuelles Angebot.

Analyse nur Pilze oder nur Bakterien

  • 1 bis 3 Proben je 1010,00 € exkl. MwSt.
  • 4 bis 10 Proben je 410,00 € exkl. MwSt.
  • Ab 10 Proben je 290,00 € exkl. MwSt.

Analyse Pilze und Bakterien kombiniert

  • 1 bis 3 Proben je 1556,00 € exkl. MwSt.
  • 4 bis 10 Proben je 656,00 € exkl. MwSt.
  • Ab 10 Proben je 476,00 € exkl. MwSt.

Für vergleichende Studien werden pro Untersuchungsgruppe mindestens drei Replikate empfohlen. Bei homogenen Flächen können auch Sammelproben als Replikate eingesetzt werden. Dabei werden mehrere Bohrkerne zu einer Probe zusammengeführt. Dies erhöht die erfasste Diversität, reduziert jedoch die statistische Trennschärfe zwischen den Proben.

Beispiel: Eine Fläche wird über drei aufeinanderfolgende Jahre beprobt. Für den statistischen Vergleich werden pro Jahr drei Replikate benötigt. Insgesamt ergeben sich neun Proben.

Datenanalyse und Auswertung: Je nach Fragestellung und gewünschter Tiefe der Auswertung fallen zusätzliche Kosten für die bioinformatische und statistische Datenanalyse an. Diese liegen in der Regel zwischen 3000,00 € und 6000,00 € exkl. MwSt. und können je nach Umfang auch darüber liegen.

Der Aufwand der Auswertung ist nur bedingt von der Probenanzahl abhängig. Es ist daher möglich, Proben aus mehreren Flächen oder Projekten zu sammeln und gemeinsam auszuwerten, um die Kosten pro Probe zu reduzieren. Auch eine zeitlich gestaffelte Probennahme mit gemeinsamer Analyse ist möglich.

Beratung und Projektbegleitung

Wir bieten begleitende Beratung für Projektplanung, Probennahme, Studiendesign und Ergebnisinterpretation an. Jetzt Beratung buchen. 

Methodische Details

Für die Analyse werden etablierte genetische Marker eingesetzt

  • Bakterien: V4 Region des 16S rRNA Gens
  • Pilze: ITS2 Region

Die Aussagekraft der Analyse hängt maßgeblich von der Qualität des eingesendeten Probenmaterials ab. Unsachgemäße Lagerung, Temperaturschwankungen oder Kontaminationen können die Analyse beeinträchtigen.

Bearbeitungszeit und Auswertung

Die Bearbeitungszeit beträgt ab Probeneingang bis zu zehn Wochen. Die Ergebnisse werden digital per E-Mail bereitgestellt.

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