Descrizione
Gerne beraten wir Dich auch bei individuellen Projekten und Fragestellungen.
Für welche Fragestellungen ist DNA Barcoding geeignet?
DNA Barcoding eignet sich zur Identifikation von Pilzarten auf Basis etablierter Markerregionen. Die Methode ist besonders geeignet, um morphologisch schwer unterscheidbare Arten zuzuordnen, Artzugehörigkeiten zu überprüfen oder Proben mit unvollständigen oder fehlenden Bestimmungsmerkmalen zu bestimmen.
Nicht geeignet ist DNA Barcoding für Aussagen zum Speisewert, zur Toxizität, medizinischen Wirkung oder rechtlichen Bewertung von Pilzen. In bestimmten Artgruppen oder bei unzureichender Referenzdatenlage kann eine eindeutige Artzuweisung trotz erfolgreicher Sequenzierung nicht möglich sein.
Für komplexe Fragestellungen oder taxonomisch schwierig einzuordnende Gruppen empfehlen wir eine vorherige fachliche Beratung. Jetzt Beratung buchen.
Welches Probenmaterial kann verwendet werden?
Für eine erfolgreiche DNA-Extraktion ist die Qualität und der Zustand des Probenmaterials entscheidend. Aufgrund unserer bisherigen Erfahrungen können wir bestimmtes Probenmaterial besonders gut verarbeiten und bitten Dich, folgende Vorgaben zu beachten.
Geeignet sind folgende Materialien:
- Getrocknete Fruchtkörper von Pilzen, idealerweise mit Teilen des Hymenophors
- Getrocknete Rhizomorphe
- Reinkulturen auf Petrischalen, sicher verschlossen mit Klebeband
Bei Fragen zur Eignung oder Vorbereitung Deiner Proben, beraten wir Dich gerne vorab.
Wie sollen die Proben vorbereitet und verpackt werden?
Die Qualität und Aussagekraft der Analyse hängt maßgeblich von der Beschaffenheit des eingesendeten Probenmaterials ab. Durch unvollständige Trocknung, hohe Temperaturen oder Kontaminationen kann die Probenqualität beeinträchtigt werden. In solchen Fällen können die DNA-Extraktion oder Sequenzierung eingeschränkt oder nicht erfolgreich sein. Eine erfolgreiche Sequenzierung oder eindeutige Artzuweisung kann daher nicht in allen Fällen garantiert werden. Das Risiko für eine unzureichende Probenqualität liegt beim Auftraggeber.
Die Proben bitte einzeln in Plastikröhrchen oder vergleichbaren, stabilen Behältern verpacken, sodass das Material während des Transports geschützt ist.
Fruchtkörper sollten zeitnah nach der Sammlung schonend getrocknet werden. Empfohlen wird eine gleichmäßige Trocknung bei niedrigen Temperaturen (< 40°C), mit ausreichender Luftzirkulation oder mittels Silika-Gel. Eine Trocknung bei zu hohen Temperaturen oder eine unvollständige Trocknung führt zum Abbau der DNA.
Probenmenge: Es werden mindestens 0,5 Gramm getrocknetes Probenmaterial pro Probe benötigt.
Wie erfolgt der Versand der Proben?
Proben bitte erst nach Auftragserteilung einsenden, da diese erst nach Geldeingang bearbeitet werden. Jede Probe muss gut lesbar beschriftet sein (1, 2, 3, …). Individuelle Probennamen können nicht berücksichtigt werden. Falls Informationen zur erwarteten Art vorliegen, diese bitte dem Paket beilegen oder für große Stückzahlen, per E-Mail nachreichen.
Probenversand an:
MyPilz GmbH
Wienerbergstraße 55/13-15
1120 Vienna, Austria
Welche Barcodes/Marker werden sequenziert?
Für Pilze wird standardmäßig die ITS Region als primärer Barcode sequenziert. Bei taxonomisch komplexen Gruppen kann ergänzend ein weiterer etablierter Marker wie TEF, RPB2, BenA und CaM eingesetzt werden, um die Auflösung zu erhöhen. Dies ist zum Beispiel sinnvoll bei artenreichen Gattungen oder Artkomplexen, in denen die ITS Region keine eindeutige Abgrenzung erlaubt.
Ein zusätzlicher Marker kann entweder bereits bei Auftragserteilung ausgewählt werden oder sich erst nach Auswertung der ITS Sequenz als notwendig erweisen. In diesem Fall kann die Analyse nachträglich aus demselben Probenmaterial durchgeführt und gesondert verrechnet werden.
| Region | Abkürzung | Primer | Primer F | Primer R | Publikation |
| Internal Transcribed Spacer | ITS | ITS5 & ITS4 | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG | TCCTCCGCTTATTGATATGC | White et al. 1990 |
| Translation elongation factor 1-alpha | TEF1a | EF1-1018F & EF1-1620R | GAYTTCATCAAGAACATGAT | GACGTTGAADCCRACRTTGTC | Stielow et al. 2015 |
| RNA Polymerase 2 | RPB2 | fRPB2_5f & fRPB2_7cr | GAYGAYMGWGATCAYTTYGG | CCCATRGCTTGYTTRCCCAT | Liu et al. 1999 |
| ß-tubulin | BenA | Bt2a & Bt2b | GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC | ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC | Glass und Donaldson 1995 |
| Calmodulin | CamA | CMD5 & CMD6 | CCGAGTACAAGGARGCCTTC | CCGATRGAGGTCATRACGTGG | Hong et al. 2006 |
Wie lange dauert die Analyse?
Ab Probeneingang beträgt die Bearbeitungszeit in der Regel 2 bis 3 Wochen. Die Ergebnisse werden per E-Mail übermittelt.
Wie sehen die Ergebnisse aus?
Für die Ergebnisausgabe stehen zwei Varianten zur Auswahl.
Sequenzierung ohne Identifkation: Diese Variante umfasst die rohen Sequenzdaten, einschließlich der FASTA Dateien sowie der zugehörigen Sequenzrohdaten ohne inhaltliche Auswertung oder Artzuweisung.
Identifikation mittels Datenabgleich: Diese Variante beinhaltet eine aufbereitete Consensus Sequenz sowie eine Artzuweisung durch Abgleich mit Referenzdatenbanken mittels BLAST.
Zusätzlich können phylogenetische Analysen mittels Stammbaumberechnung durchgeführt werden.
In bestimmten Artgruppen oder bei unzureichender Referenzdatenlage kann eine eindeutige Artzuweisung trotz erfolgreicher Sequenzierung nicht möglich sein.
