Dr. Miriam Schalamun

Head of Research & Development

Miriam ist Biotechnologin und spezialisiert auf innovative Sequenzierungstechnologien und bioinformatische Datenanalyse. Die Nanopore-Sequenzierung etablierte sie bereits in ihrer Masterarbeit zu Pflanzensystemen an der Australian National University in Canberra.

Ihre Promotion an der Technischen Universität Wien widmete sie der zellulären Signalübertragung in Pilzen. Dort vertiefte sie ihr Verständnis für Pilze und deren Interaktion mit der Umwelt. Die praktischen Arbeiten führte sie am AIT Austrian Institute of Technology durch.

Heute bringt Miriam ihre umfassende Expertise und Leidenschaft für die Pilzforschung als Head of Research and Development von MyPilz ein.

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Wissenschaftliche Publikationen

Schalamun, M., Li, G., Hinterdobler, W., Großkinsky, D., Compant, S., Dreux-Zigha, A., Schmoll, M. 2026. Plant recognition by Trichoderma harzianum elicits upregulation of a novel secondary metabolite cluster required for colonization. Scientific Reports.

Schalamun, M., Hinterdobler, H., Schinnerl, J., Brecker, L., Schmoll, M. 2024. The transcription factor STE12 influences growth on several carbon sources and production of dehydroacetic acid (DHAA) in Trichoderma reesei. Scientific Reports. 14(1):9625.

Schalamun, M., Molin, E., Schmoll, M. 2023. RGS4 impacts carbohydrate and siderophore metabolism in Trichoderma reesei. BMC Genomics. 24:372.

Schalamun, M., Beier, S., Hinterdobler, W., Wanko, N., Schinnerl, J., Brecker, L., Engl, D.E., Schmoll, M. 2023. MAPkinases regulate secondary metabolism, sexual development and light dependent cellulase regulation in Trichoderma reesei. Scientific Reports. 13:1912.

Schalamun, M. und Schmoll, M. 2022. Trichoderma – genomes and genomics as treasure troves for research towards biology, biotechnology and agriculture. Frontiers in Fungal Biology, 3:1002161.

Hinterdobler, W., Li, G, Turrà, D., Schalamun, M., Kindel, S., Sauer, U., Beier, S., Iglesias, AR., Compant, S., Vitale, S., Di Pietro, A., Schmoll, M. 2021. Integration of chemosensing and carbon catabolite repression impacts fungal enzyme regulation and plant associations. bioRxiv.

Wang, W., Das, A., Kainer, D., Schalamun, M., Morales-Suarez, A., Schwessinger, B., Lanfear, R. 2020. The draft nuclear genome assembly of Eucalyptus pauciflora: a pipeline to comparing de novo assemblies. GigaScience, 9, 2020, 1–12.

Schalamun, M., Nagar, R., Kainer, D., Beavan, E., Eccles, D., Rathjen, J. P., Lanfear, R., Schwessinger, B. 2019. Harnessing the MinION: An example of how to establish long-read sequencing in a laboratory using challenging plant tissue from Eucalyptus pauciflora. Molecular Ecology Resources, 19: 77– 89.

Lanfear, R., Schalamun, M., Kainer, D., Wang, W., Schwessinger, B. 2019. MinIONQC: fast and simple quality control for MinION sequencing data. Bioinformatics, 35(3): 523–525.

Wang, W., Schalamun, M., Morales-Suarez, A., Kainer, D., Schwessinger, B., Lanfear, R. 2018. Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a comparison of approaches using Eucalyptus pauciflora as a test case. BMC Genomics, 19(1).

Vorträge

Kleine Impulse, große Wirkung – Wie Pilze auf ihre Umgebung reagieren. Auditorium, Pilzfestspiele, Wien, Österreich, 2025.

Harnessing natural fungal diversity for modern circular economy applications. Mycobiomics Final Meeting. EU Horizon 2020 RISE Projekt, 2025. Pretoria, Südafrika.

Advances and Challenges of NGS Technologies. Westerdijk Spring Symposium „DNA Sequences as Type“, 2025. Utrecht, Niederlande, Vortrag.

DNA Barcoding – Hintergründe, Methoden und moderne Anwendungen. Österreichische Mykologische Gesellschaft, 2025. Österreich, Online-Vortrag.

Light dependent regulation of plant cell wall degradation and secondary metabolism via the HOG-pathway in Trichoderma reesei. 17th European Conference on Fungal Genetics, 2025. Dublin, Irland, Vortrag.

Genome wide insights into signal integration by the G-protein pathway for regulation of carbon- and secondary metabolism in Trichoderma reesei. 56. Wissenschaftliche Tagung der Deutschsprachigen Mykologischen Gesellschaft, 2022. Wien, Österreich, Vortrag.

Genome wide insights into signal integration by the G-protein pathway for regulation of carbon- and secondary metabolism in Trichoderma reesei. 14th OEGMBT Annual Meeting, 2022. Wien, Österreich, Vortrag.

Genome wide insights into signal integration by the G-protein pathway for regulation of carbon- and secondary metabolism in Trichoderma reesei. Fungal Genetics Conference, Kalifornien, Vereinigte Staaten, 2022. Vortrag.

Konferenzbeiträge

Schalamun, M., Hinterdobler W., Benocci T., Wanko N., Schinnerl J., Schmoll M. Genome wide insights into signal integration by the G-protein pathway for regulation of carbon- and secondary metabolism in Trichoderma reesei. Westerdijk Spring Symposium Rise of the Fungi, Amsterdam, Niederlande, 2022.

Schalamun, M., Hinterdobler W., Benocci T., Wanko N., Schinnerl J., Schmoll M. Genome wide insights into signal integration by the G-protein pathway for regulation of carbon- and secondary metabolism in Trichoderma reesei. Fungal Genetics Conference, Kalifornien, Vereinigte Staaten, 2022.