Descrizione
Offriamo supporto personalizzato per progetti e quesiti specifici.
Per quali tipologie di quesiti è adatto il DNA barcoding?
Il DNA barcoding è adatto all'identificazione delle specie fungine sulla base di marcatori consolidati. Questo metodo è particolarmente indicato per classificare specie difficili da distinguere dal punto di vista morfologico, per verificare l'appartenenza a una specie o per identificare campioni con caratteristiche di identificazione incomplete o mancanti.
Il DNA barcoding non è adatto a fornire informazioni sul valore alimentare, sulla tossicità, sugli effetti medici o sulla valutazione giuridica dei funghi. In alcuni gruppi di specie o in presenza di dati di riferimento insufficienti, l'attribuzione univoca della specie potrebbe non essere possibile, nonostante un sequenziamento riuscito.
Per quesiti complessi o per gruppi tassonomicamente difficili da classificare, consigliamo una consulenza specialistica preliminare. Prenota ora la tua consulenza.
Quale materiale può essere utilizzato come campione?
Per un'estrazione del DNA efficace, la qualità e lo stato del campione sono fondamentali. Grazie alla nostra esperienza, siamo in grado di trattare in modo ottimale determinati tipi di campione e ti chiediamo di rispettare le seguenti indicazioni.
Sono adatti i seguenti materiali:
- Corpi fruttiferi essiccati di funghi, idealmente con parti dell'imenoforo
- Rizomorfi essiccati
- Colture pure su piastre di Petri, ben sigillate con nastro adesivo
Se hai domande sull'idoneità o sulla preparazione dei tuoi campioni, saremo lieti di fornirti una consulenza preliminare.
Come devono essere preparati e imballati i campioni?
La qualità e il valore informativo dell'analisi dipendono in modo determinante dalle condizioni del campione inviato. Un'essiccazione incompleta, temperature elevate o contaminazioni possono compromettere la qualità del campione. In tali casi, l'estrazione o il sequenziamento del DNA potrebbero non riuscire o avere un esito negativo. Di conseguenza, non è possibile garantire il successo del sequenziamento o l'attribuzione univoca della specie in tutti i casi. Il rischio legato alla scarsa qualità del campione è a carico del committente.
Si prega di imballare i campioni singolarmente in provette di plastica o contenitori simili e resistenti, in modo che il materiale sia protetto durante il trasporto.
I corpi fruttiferi devono essere essiccati delicatamente subito dopo la raccolta. Si consiglia un'essiccazione uniforme a basse temperature (< 40 °C) con una buona circolazione dell'aria o con l'utilizzo di gel di silice. Un'essiccazione a temperature troppo elevate o incompleta può portare alla degradazione del DNA.
Quantità di campione: sono necessari almeno 0,5 grammi di materiale essiccato per campione.
Come avviene la spedizione dei campioni?
Si prega di inviare i campioni solo dopo la conferma dell’ordine, in quanto verranno elaborati esclusivamente dopo la ricezione del pagamento. Ogni campione deve essere etichettato in modo ben leggibile (1, 2, 3, ecc.). Non è possibile utilizzare nomi personalizzati per i campioni. Qualora siano disponibili informazioni sulla specie attesa, si prega di allegarle al pacco oppure, in caso di grandi quantità, di inviarle successivamente via e-mail.
Inviare i campioni a:
MyPilz GmbH
Wienerbergstraße 55/13-15
1120 Vienna, Austria
Quali barcode o marcatori vengono sequenziati?
Per i funghi, di norma, viene sequenziata la regione ITS come barcode primario. Nei gruppi tassonomicamente complessi, può essere utilizzato, in aggiunta, un altro marcatore consolidato, come TEF, RPB2, BenA o CaM, per aumentare la risoluzione. Ciò è utile, ad esempio, nei generi particolarmente ricchi di specie o nei complessi di specie in cui la regione ITS non consente una delimitazione univoca.
Un marcatore aggiuntivo può essere selezionato già al momento dell’ordine o risultare necessario solo dopo la valutazione della sequenza ITS. In tal caso, l’analisi può essere effettuata successivamente utilizzando lo stesso campione e verrà fatturata separatamente.
| Regione | Abbreviazione | Primer | Primer F | Primer R | Pubblicazione |
| Internal Transcribed Spacer | ITS | ITS5 E ITS4 | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG | TCCTCCGCTTATTGATGC | White et al. 1990 |
| Translation elongation factor 1-alpha | TEF1a | EF1-1018F E EF1-1620R | GAYTTCATCAAGAACATGAT | GACGTTGAADCCRACRTTGTC | Stielow et al. 2015 |
| RNA Polymerase 2 | RPB2 | fRPB2_5f & fRPB2_7cr | GAYGAYMGWGATCAYTTYGG | CCCATRGCTTGYTTRCCCAT | Liu et al. 1999 |
| ß-tubulin | BenA | Bt2a e Bt2b | GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC | ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC | Glass e Donaldson 1995 |
| Calmodulin | CamA | CMD5 E CMD6 | CCGAGTACAAGGARGCCTTC | CCGATRGAGGTCATRACGTGG | Hong et al. 2006 |
Quanto tempo richiede l'analisi?
Dal momento della ricezione del campione, il tempo di elaborazione è solitamente di 2-3 settimane. I risultati vengono inviati via e-mail.
Come si presentano i risultati?
Sequenziamento senza identificazione: questa opzione include i dati di sequenza grezzi, inclusi i file FASTA e i relativi dati di sequenziamento grezzi, senza alcuna valutazione dei contenuti o attribuzione delle specie.
Identificazione tramite confronto con banche dati: questa variante prevede una sequenza di consenso elaborata e un'assegnazione di specie tramite confronto con banche dati di riferimento mediante BLAST.
Inoltre, è possibile effettuare analisi filogenetiche mediante la ricostruzione di alberi filogenetici.
In alcuni gruppi di specie o in presenza di dati di riferimento insufficienti, l'attribuzione univoca della specie potrebbe non essere possibile, nonostante un sequenziamento riuscito.
